Αιρετικός μπορούσε να θεωρηθεί οποιοσδήποτε, ακόμη και ο πιο πιστός πολίτης, αρκεί να είχε μια οποιαδήποτε άποψη, με την οποία η καθολική εκκλησία δεν συμφωνούσε. Για παράδειγμα, ο Γαλιλαίος ήταν πιστός, αλλά υποστήριζε ότι η γη γυρίζει, ενώ για την εκκλησία ήταν στάσιμη. Φυσικά, παραπέμφθηκε στο ιερό δικαστήριο και ομολόγησε χωρίς βασανιστήρια αυτό που του υπαγόρευσαν.
Ο Γαλιλέος μπροστά στην Ιερά Εξέταση.
Η δημιουργία της Ιεράς Εξέτασης
Το 1231, ο Πάπας Γρηγόριος Στ', ίδρυσε την Ιερά Εξέταση στη Ρώμη, για να ξεκαθαρίσει τους πραγματικούς πιστούς, απ' τους αμαρτωλούς αιρετικούς.
Ο Πάπας, μάλιστα, δεν ξέχασε να συμπληρώσει στην παπική βούλα, ότι όποιος ιεροεξεταστής αναγκαστεί να βασανίσει τον αιρετικό, για να αποσπάσει την ομολογία του, είναι αυτομάτως συγχωρεμένος απ' τον Θεό και την εκκλησία.
Τα βασανιστήρια ήταν άμεσα συνδεδεμένα με την όλη διαδικασία, γιατί κανείς δεν μπορούσε να καταδικαστεί, αν δεν είχε ομολογήσει.
Γι' αυτό, οι
είχαν ως αφετηρία την Γαλιλαία. Οι Ρωμαίοι γνωρίζοντας ότι ακόμη και τα αυστηρά μέτρα που είχε λάβει πριν απ' αυτούς ο Αντίοχος δεν καρποφόρησαν, απεφάσισαν για να καταστείλουν τις ανταρσίες, τα πραξικοπήματα και τους μαχαιροβγάλτες και τους πάσης φύσεως επαναστάτες, να επιβάλουν την πιο «φρικτή και τρομακτική θανατική καταδίκη» (Κικέρων) την σταύρωση. Αλλά όχι απλά μόνο σταύρωση: Η σταύρωση δεν αποσκοπούσε στην απλή θανάτωση του κατάδικου, αλλά στην όσο το δυνατόν μακροχρόνια έκθεσή του σε κοινή θέα, προς παραδειγματισμό, σωφρονισμό και εκφοβισμό. Ότι οι εσταυρωμένοι έπρεπε να παραμείνουν για μέρες στο σταυρό, συμπεραίνεται επίσης, από το ότι οι Ρωμαίοι τοποθετούσαν στο 



