Η καλύτερη κατανόηση των περί Θείου απόψεων του Γεμιστού προϋποθέτει και τη γνώση της ουσίας στη διαμάχη μεταξύ Νέοπλατωνικών και Χριστιανών, έτσι όπως αυτή είχε διαμορφωθεί από τα πρώτα χρόνια του Βυζαντίου. Ο διωγμός της Ακαδημίας των Αθηνών, δεν ήταν καθόλου άσχετος με τις απόψεις του Πρόκλου περί «αϊδιότητος του Κόσμου». Ο Ιωάννης Φιλόπονος από την Αλεξάνδρεια, είχε απαντήσει στα μέσα του έκτου αιώνα στον Έλληνα φιλόσοφο με τη γνωστή πραγματεία «Κατά των Πρόκλου περί αϊδιότητος του Κόσμου επιχειρημάτων», και σε πλήρη σύγχυση είχε προσπαθήσει να απαντήσει με επιχειρήματα μέσα από τον Πλάτωνα και από τον Αριστοτέλη, μολονότι ο πρώτος δεχόταν την ύπαρξη της ουσίας προ της Δημιουργίας και ο δεύτερος, με λίγες διαφορές, συμφωνούσε με τον Πρόκλο.
Η καλύτερη κατανόηση των περί Θείου απόψεων του Γεμιστού προϋποθέτει και τη γνώση της ουσίας στη διαμάχη μεταξύ Νέοπλατωνικών και Χριστιανών, έτσι όπως αυτή είχε διαμορφωθεί από τα πρώτα χρόνια του Βυζαντίου. Ο διωγμός της Ακαδημίας των Αθηνών, δεν ήταν καθόλου άσχετος με τις απόψεις του Πρόκλου περί «αϊδιότητος του Κόσμου». Ο Ιωάννης Φιλόπονος από την Αλεξάνδρεια, είχε απαντήσει στα μέσα του έκτου αιώνα στον Έλληνα φιλόσοφο με τη γνωστή πραγματεία «Κατά των Πρόκλου περί αϊδιότητος του Κόσμου επιχειρημάτων», και σε πλήρη σύγχυση είχε προσπαθήσει να απαντήσει με επιχειρήματα μέσα από τον Πλάτωνα και από τον Αριστοτέλη, μολονότι ο πρώτος δεχόταν την ύπαρξη της ουσίας προ της Δημιουργίας και ο δεύτερος, με λίγες διαφορές, συμφωνούσε με τον Πρόκλο.